Першi письмовi згадки про монастир на Бакотi датуються все-таки більш пізніми часами: їх знайшли у лiтописi князiв Литовських (ХIV столiття). У ньому розповiдається про зайняття Подiлля литовськими князями Корiатовичами приблизно в 1362 роцi. Щоправда, лiтопис вказує, що монастир iснував задовго до приходу Корiатовичiв. Радянський академiк Тихомиров, який вiдвiдав iсторичну пам’ятку в 1962 роцi, припускає, що скельний монастир виник у кiнцi ХI-го - на початку ХII ст.
До наших днiв дiйшли розповiдi про трагiчнi подiї середини ХIII столiття. За легендами, у скельному монастирi заховалися вiд татаро-монголiв мiсцевi мешканцi та ченцi. Нападники пропонували їм зректися своєї вiри, але жодна людина не вийшла з печер. Тодi вхiд до монастиря було замуровано, i всi люди загинули. Правда, подібне говорять про кожну давню печеру на Поділлі. Приблизно на початку ХV столiття обвал верхньої скелi сховав пiд собою деякi давнi монастирськi споруди. З того часу Бакота зі столиці потроху перетворюється на просте сiльське поселення, малоцікаве літописцям і картографам.
Iнтерес до скельно-печерного монастиря вiдродився наприкiнцi ХIХ столiття, коли за дорученням Росiйської iмператорської археологiчної комiсiї професор Київського університету В. Антонович провiв тут розкопки (1891-1892 рр.) i знайшов залишки печерних келiй i монастирської церкви. Ну як знайшов: копали і розчищали місце бакотяни, професор тільки керував. Ще тоді виникли припущення, що місце це слугувало для релігійних обрядів задовго до появи у наших краях християнства. Тодi було вiдкрито три печери. На скельнiй пiдлозi коридорiв - нiшi гробниць, у деяких було знайдено людськi кiстки (бачила, ага!:). Всього було вiдкрито 17 нiш у стiнах печер та 19 гробниць у скельнiй пiдлозi. До речі, це був вже другий приїзд Антоновича на Поділля: вперше у Бакоті він побував у 1883 р.
У 1893 роцi на мiсцi давньоруської церкви було споруджено нову дерев’яну, Спаську. Її освятив 14 серпня єпископ Подiльський i Брацлавський Димитрiй. Освячення проходило в присутностi багатьох вiруючих Подiлля та Молдавiї. З того часу 14 серпня стало днем, коли сюди на богослужіння приходило чимало народу - і не лише бакотян. Храм знову відкрили у 1941-1942 рр. Сама церква проiснувала лише до 1963 року, коли була знищена. Але за старою пам'яттю саме 14 серпня у монастирі проводять велелюдний відпуст.
В 1918-1940рр. стежка до монастиря фактично перетворилася на державний кордон з Румунією. Ніяких богослужінь у той час вже не було - заборонялися.
Та монастир - це ще ж було не село. Село, власне Бакота, лежало поруч, біля річки. Про те, що невдовзі йому може настати кінець, загомоніли ще в 1960-х роках, коли поширилися чи то чутки, чи то плани про будівництво на Дністрі потужної гідроелектростанції. Гомоніли-гомоніли - і забули. Відомість про станцію з чуток на реальність перетворилася у 1973 р. Часу в селян було кілька років: до 1981 р. вони вирубували власноруч посаджені фруктові дерева, руйнували власні хати, перевозили речі на нові місця. 165 хат виявилися нікому не потрібними, 560 жителів позбавилися найдорожчого у світі - малої батьківщини. 27 жовтня 1981 р. село Бакота знято з обліку як затоплене.
Вода піднімалася поволі: з 1981 по 1987 р. вона піднялася на 35 метрів, поховавши Бакоту, Луку-Врублівецьку і сусіднє село Теремці. Ще кілька років тому десь зустрічала спогади англомовного якогось водолаза, котрому при пірнанні явився на місці Бакоти сумний привид мужчини. Пізніше з'ясувалося, що привидом був монумент
